・ハウステンボス
チューリップがとてもきれいな、オランダをモチーフにしたテーマパークです。
とってもメジャーな観光施設で子供連れで楽しめるので、一度は訪れて見られてはいかがでしょう。

・カステラ
長崎といえばカステラですね。
カステラはどこでも手に入りますが、地元の方にも人気のおすすめの店はふくさやのカステラです。
思案橋のところにある、歴史あるお店です。

・夜景
長崎の夜景は一軒価値ありです。
日本三大夜景のうちの一つです。
いくつか夜景スポットはあるのですが、アクセス的に稲佐山がおすすめです。
ロープウェイやスカイゴンドラがあります。
タクシーを利用すれば終日山頂まで登ることができます。
なお一般車両は夜１０時以降のみ通行できます。

・中華料理屋街
長崎皿うどんを食べるならここでしょう。

穴場スポットで雨でも楽しめる所といえば長崎ペンギン水族館ではないでしょうか。
たくさんのペンギン達に会えるだけでなく、触ったりえさをあげたりでき、大人から子供まで楽しめるでしょう。
自然体験ゾーンでマリンスポーツを楽しむことも出来ます。
大人は５００円で中学生までが３００円です。
無料駐車場もあります。

有名な観光地を回るバスツアーもあります。
個人で色々周ろうと思うと、車がないと大変ですし、高くついてしまいますが、これを利用すると安上がりです。
タイトなスケジュールのものが多いので、フリープランのうち１日をバス観光に充てる、などというのも良いかもしれません。